Die klinische (ärztliche) Atemtherapie befasst sich mit den Krankheiten und Funktionsstörungen von Lunge und Stimmapparat. Sie arbeitet sowohl prophylaktisch als auch nachbehandelnd. Die Atemtherapie hat als hauptsächliche Ziele die folgenden:

• Pneumonieprophylaxe
• Sekretlösung und -transport
• Stabilisierung/Aufbau eines stabilen Bronchialsystems, insbesondere bei obstruktiven Erkrankungen (Chronische Bronchitis, Asthma usw.)

Auch das Atemtraining ist Teil der Atemtherapie. Man versteht darunter verschiedene Übungen zur Verbesserung der Lungenkapazität. Hierzu werden vor allem die Brustmuskulatur gestärkt und Techniken zur vermehrten Bauchatmung geübt.

Eine effektive Atemtherapie soll zum Abbau atemhemmender Widerstände, Abbau von Fehlatembewegungsformen, zur Sekretlösung, zur Ventilationssteigerung, zur Kräftigung der Atemmuskulatur und zu einer allgemeinen Leistungssteigerung beitragen.

Atemtherapie zählt zu den so genannten Alternativen Heilverfahren.
Die Anwender gehen davon aus, dass von allen Körperfunktionen des Menschen der Atem am intensivsten mit allen anderen Ebenen des Menschen verknüpft ist. In der Formatio reticularis, einem komplex vernetzten Zentrum in der Tiefe des Stammhirns, würden alle Informationen zusammen strömen, die im Körper oder Gehirn entstehen. Jeder kleine Reiz, von außen oder innen kommend, verändere die Art und Weise zu atmen. Mit der Arbeit am Atem könne deshalb, so lautet die These, auch jede Ebene des Menschen erreicht und harmonisiert werden.

• Die Atmung reagiere empfindlich und unmittelbar auf psychische und physische Veränderungen. Zugleich sei sie die einzige Körperfunktion, die auch willentlich gesteuert werden kann, obwohl sie ununterbrochen unwillkürlich abläuft.
• Es bestünden mechanische und nervliche Wechselwirkungen zwischen der Atembewegung und zahlreichen Körperorganen und deren Funktionen;
• die Atembewegung beeinflusse die Herzfunktion und den Blutkreislauf; Sauerstoffversorgung, Kohlendioxidspiegel, Ionenkonzentration und damit den Stoffwechsel
• Die Atmung beeinflusse auf der Ebene des Zentralnervensystem die Bewusstseinsvorgänge des Menschen und damit sein Empfindungs- und Gefühlsleben.

Es gibt zahlreiche Formen der Atemtherapie, die sich weniger in ihrer Zielrichtung, als in ihrer Methodik unterscheiden. So arbeiten einige Methoden mit dem sogenannten „unbewussten Atem“ des Klienten, andere mit dem „willentlichen Atem“ oder dem „zugelassenen Atem“.

• Vokalatmung: Die Vokalatmung oder das Vokalsingen stammt aus indischen Yogaübungen und wurde im Westen weiterentwickelt, um einen natürlichen Bezug zu Atem, Körper und Bewusstsein herzustellen. Es wird in der Psychotherapie verwendet und wird daneben zur Stimmbildung genutzt, da die Stimme „geklärt“ und gekräftigt wird.